СДЮШОР (Специализированная детско-юношеская школа олимпийского резерва) «Черноморец» организована в 1973 году. Ее основателем был Анатолий Федорович Зубрицкий — мастер спорта СССР, заслуженный тренер Украины, известный голкипер 30-50-х годов. Он являлся бессменным директором школы в период с 1979 по 2005 годы. С 2005 года СДЮШОР «Черноморец» носит имя А. Ф. Зубрицкого.
За время существования СДЮШОР «Черноморец» воспитала множество профессиональных спортсменов, которые защищали цвета национальных сборных Украины и России, выступали в ведущих футбольных клубах.
Среди воспитанников школы — такие именитые игроки, как Сергей Жарков и Юрий Никифоров (чемпионы мира среди юниоров), Игорь Беланов (обладатель «Золотого мяча» лучшего футболиста Европы 1986 года), Сергей Шматоваленко (чемпион и обладатель Кубка СССР), Илья Цымбаларь (лучший футболист России 1995 года). В командах высших лиг чемпионатов различных стран выступали: Сергей Гусев, Юрий Смотрич, Андрей Телесненко, Владислав Зубков, Юрий Букель, Александр Никифоров, Дмитрий Парфенов, Денис Колчин, Олег Мочуляк, Руслан Романчук, Александр Пиндеев, Виталий Колесниченко, Вадим Винокуров, Сергей Булыгин, Владимир Мусолитин, Александр Козакевич, Андрей Воронин, Виталий Руденко и Руслан Гилазев.
Благодаря многолетнему опыту успешной работы с молодыми спортсменами СДЮШОР «Черноморец» обладает огромным потенциалом для воспитания будущих поколений украинского футбола. Молодежный состав главной команды нашего клуба практически на 100 процентов укомплектован воспитанниками СДЮШОР.
С февраля 2005 года по декабрь 2008 года должность директора СДЮШОР «Черноморец» занимал Виктор Васильевич Гришко.
В 2008-2013 гг. школу возглавлял Леонид Васильевич Гайдаржи. В 2014-2021 гг. директором СДЮШОР являлся Артем Николаевич Выдерко.