СДЮШОР (Спеціалізована дитячо-юнацька школа олімпійського резерву) «Чорноморець» організована в 1973 році. Її засновником був Анатолій Федорович Зубрицький - майстер спорту СРСР, заслужений тренер України, відомий голкіпер 30-50-х років. Він був беззмінним директором школи в період з 1979 по 2005 роки. З 2005 року СДЮШОР «Чорноморець» носить ім'я А. Ф. Зубрицького.
За час існування СДЮШОР «Чорноморець» виховала безліч професійних спортсменів, які захищали кольори національних збірних України та Росії, виступали в провідних футбольних клубах.
Серед вихованців школи - такі імениті гравці, як Сергій Жарков і Юрій Никифоров (чемпіони світу серед юніорів), Ігор Бєланов (володар «Золотого м'яча» кращого футболіста Європи 1986 року), Сергій Шматоваленко (чемпіон і володар Кубка СРСР), Ілля Цимбалар (кращий футболіст Росії 1995 года). У командах вищих ліг чемпіонатів різних країн виступали: Сергій Гусєв, Юрій Смотрич, Андрій Телесненко, Владислав Зубков, Юрій Букель, Олександр Никифоров, Дмитро Парфьонов, Денис Колчин, Олег Мочуляк, Руслан Романчук, Олександр Піндеев, Віталій Колесніченко, Вадим Винокуров, Сергій Булигін , Володимир Мусолітін, Олександр Козакевич, Андрій Воронін, Віталій Руденко та Руслан Гілазєв.
Завдяки багаторічному досвіду успішної роботи з молодими спортсменами СДЮШОР «Чорноморець» має величезний потенціал для виховання майбутніх поколінь українського футболу. Молодіжний склад головної команди нашого клубу практично на 100 відсотків укомплектований вихованцями СДЮШОР.
З лютого 2005 року по грудень 2008 року посаду директора СДЮШОР «Чорноморець» займав Віктор Васильович Гришко.
У 2008-2013 рр. школу очолював Леонід Васильович Гайдаржи. У 2014-2021 рр. директором СДЮШОР був Артем Миколайович Видерко.