НІАМ «Київська фортеця» є правонаступником музею «Косий капонір», який був заснований в 1930 році. В 1991 році рішенням Київської міської ради народних депутатів музей «Косий капонір» був перейменований на Історико-архітектурну пам’ятку-музей «Київська фортеця». В 2007 році Указом Президента України музею «Київська фортеця» надано статус Національного.
Музейний комплекс створений на базі Госпітального укріплення Київської фортеці та включає в себе три музейні експозиції, які розповідають про історію фортифікації Києва та історію фортифікації на теренах України з часів Трипільської культури до початку ХХ ст. Артефакти, події та біографії відображають історію національних визвольних рухів в Україні з якими тісно пов’язані фортечні споруди, історію стійкості столиці перед обличчям ворога, демонструють дух свободи від Революції на граніті до Революції Гідності та героїчні події оборони Києва від російської навали у 2022 році, які докорінно змінили весь перебіг російсько-української війни.
На сьогодні комплекс пам’яток Київської фортеці є одним з найбільших у Європі серед фортець, що збереглися.
До уваги відвідувачів представлена унікальна постійно діюча виставка історії артилерії «Від ядра до снаряду» та єдина в Європі колекція автоматичної зброї.
Музей має суттєве значення для громади Печерського району та всього міста. Тут надаються різноманітні культурні послуги, проводяться соціальні заходи для цільових аудиторій, людей з інвалідністю, внутрішньо переміщених осіб, ветеранів та ветеранок, Захисників та Захисниць, враховуються інтереси, думки та погляди кожного.